A la fin des années 1970, confrontée à l'essor du quartz, l'industrie horlogère suisse est en pleine crise. Girard-Perregaux est alors l'une des premières sociétés de montres de prestige à prendre le pari d'un retour vers des garde-temps mécaniques de tradition. Les maîtres horlogers de Girard-Perregaux entreprennent la réédition de vingt exemplaires du fameux Tourbillon sous trois Ponts d'or, montre de poche : le numéro 1 est présenté en 1981. Dix ans plus tard, pour célébrer son bicentenaire, la Manufacture réalise une prouesse avec la version du Tourbillon sous trois Ponts d'or miniaturisée à la dimension d'une montre-bracelet.
L'entrepreneur italien, architecte et ancien pilote automobile Luigi Macaluso prend les rênes de Girard-Perregaux en 1992. Fort d'une grande expérience du secteur horloger, il connaît très bien la Marque : il en est l'importateur officiel en Italie depuis plusieurs années et siégeait au Conseil d'administration depuis 1989. Sous son impulsion, Girard-Perregaux devient l'un des acteurs incontournables de la haute horlogerie. Son partenariat avec Ferrari donne naissance entre 1994 et 2004 à une remarquable collection de modèles sportifs et grandes complications frappés du mythique «cheval cabré».
A une époque où beaucoup de sociétés horlogères suisses s'approvisionnent en mouvements ou ébauches chez des fournisseurs externes, Girard-Perregaux poursuit un effort massif pour développer sa logique de Manufacture. Des investissements importants sont réalisés, particulièrement dans le domaine de la recherche et du développement.
En 1994, une nouvelle famille de calibres ultra-plats nommés GP3000 et GP3100 est lancée. En 1999, pour son entrée au Salon International de la Haute Horlogerie, la Marque présente une version à remontage automatique de son fameux Tourbillon sous trois Ponts d'or, grâce à un ingénieux système breveté de micro-rotor en platine positionné sous le barillet. Elle développe la même année un nouveau mouvement chronographe à roue à colonnes de 23,30 mm de diamètre, équipant un Petit Chronographe adapté aux poignets féminins.
Le patrimoine est également mis à l'honneur. En 1997, la Villa Marguerite, une bâtisse chaux-de-fonnière du début du XXe siècle, est acquise puis rénovée pour accueillir le nouveau Musée Girard-Perregaux.
